Las regulaciones sobre la calidad del agua implican un compromiso considerable de recursos tanto por parte de los gobiernos como de entidades privadas. Resulta fundamental evaluar continuamente la eficacia de dichas normativas para asegurar que cumplen con el impacto previsto. En este estudio, se analizaron datos de nutrientes como indicadores de productividad primaria, junto con las concentraciones de oxígeno disuelto (OD) y el pH como variables de respuesta, para evaluar las tendencias históricas de la calidad del agua en 55 estaciones de Puerto Rico. Las estaciones se categorizaron en afectadas y no afectadas según su concentración media histórica de fósforo total (FT). Las concentraciones medias de FT y nitrógeno total (NT) fueron significativamente mayores en las estaciones afectadas en comparación con las no afectadas. Por el contrario, las concentraciones medias de OD y los valores promedio de pH fueron significativamente menores en las estaciones afectadas. Se empleó un modelo aditivo generalizado con efectos mixtos para analizar las tendencias temporales. En las estaciones afectadas, se observó una disminución significativa en las concentraciones de FT y NT a lo largo del tiempo, acompañada de incrementos significativos en las concentraciones de OD y pH. Las estaciones no afectadas mostraron una tendencia decreciente marginal y estadísticamente no significativa. Las notables reducciones en nutrientes observadas en las estaciones afectadas parecen estar relacionadas con el cierre de varias plantas principales de tratamiento de aguas residuales (PTAR) en la isla. La conversión de tierras agrícolas abandonadas en bosques secundarios durante las últimas décadas ha provocado pequeñas pero significativas disminuciones en el NT (no en FT) en los arroyos receptores. Concluimos que la Ley de Agua Limpia ha promovido mejoras en la calidad del agua en Puerto Rico al impulsar la modernización de la infraestructura sanitaria y la regulación de fuentes puntuales de contaminación.